החיבור למסד הנתונים נעשה ע"י הפונקציה {{קוד בשורה|mysql_connect()}}. המשתנים של הפונקציה הם שם המשתמש איתו מתחברים למסד הנתונים וסיסמה. אפשר גם לתת לפונקציה את שם השרת אם הוא שונה מערך ברירת המחדל localhost. לדוגמה:
<div style="direction:ltr;">
mysql_connect("username","password");
</div>
הפונקציה {{קוד בשורה|mysql_connect()}} מחזירה ערך שנקרא Link Identifier ומשמש לזיהוי החיבור לשרת. כמו כן, אפשר להשתמש בו כדי לסגור את החיבור ע"י הפונקציה {{קוד בשורה|mysql_close()}}. לדוגמה:
בדרך כלל את החיבור למסד נכניס בתחילת הסקריפט שלנו, ואת ההתנתקות בסופה. במקרים מסויימים אפשר לסגור את החיבור באמצע אם אין בו עוד צורך. כדי שנעשה עבודה מסודרת, רצוי לסגור את החיבור בעצמו, למרות שהוא יסגר עם סיום ריצת הסקריפט.
