לאחר שהתחברנו למסד הנתונים נבחר את מסד הנתונים איתו אנו רוצים לעבוד. המשפט הקודם נשמע מאוד מבלבל בהתחלה. אנסה לתת דוגמה כדי להבהיר אותו: בכל קובץ אקסל יש מספר גליונות, כאשר כל גיליון מכיל נתונים שונים. אנו מבדילים בין גליון אקסל (שם נשמרים הנתונים), לבין קובץ אקסל (אוסף של כמה גליונות) לבין תוכנת אקסל (איתה אנחנו עורכים את הקבצים והגליונות). אם נעשה השוואה בין אקסל ל-MySQL התוצאה תהיה: התוכנה שאיתה אנחנו עורכים היא MySQL, הקובץ הוא מסד הנתונים, וגליונות הם טבלאות. כלומר מסד הנתונים MySQL מורכב מכמה מסדי נתונים שכל אחד מהם מכיל מספר טבלאות.
הבלבול נובע מהעובדה שכשמדברים על מסדי נתונים המבוססים על SQL, מנסים לשמור על כלליות. כלומר מה שעובד על מסד נתונים אחד, יעבוד גם על השני בגלל ששניהם מבוססים על SQL. מסיבה זאת לא נוהגים להזכיר כל פעם לאיזה מסד נתונים מתחברים, כי זה לא משנה לעקרון שהדברים יעבדו. אם נקח את המשפט שהתחלנו איתו ונמקד אותו הוא יכתב כך: "לאחר שהתחברנו לתוכנת מסד הנתונים MySQL נבחר את מסד הנתונים איתו אנו רוצים לעבוד". מכיוון שמדריך זה עוסק רק ב-MySQL לא נזכיר כל פעם שמדובר ב-MySQL, אך ניתן לראות זאת ע"י שמות הפונקציות שבשימוש.
הערה: הדוגמה הקשורה לאקסל נתנה לצורה המחשה בלבד, ואין לדקדק בפרטים הטכניים של ההשוואה.
הבחירה של מסד הנתונים נעשית ע" הפונקציה {{קוד בשורה|mysql_select_db()}}, כאשר יש צורך לפרט עם איזה מסד נתונים אנו רוצים לעבוד. דוגמה:
